Aaprotin alkuperä on tuntematon. Sen kuitenkin arvellaan tulleen 1200-luvulla munkkien mukana Pohjolaan. Aaprotti, joka kansan suussa sai nimekseen saksankataja, kuului kirkkokimppuun. Kun kasvia koskettaa kevyestikin, löyhähtää siitä miellyttävä voimakas tuoksu. Vaikka aaprotti on pieni ja vaatimaton kasvi, sitä arvostettiin kansan keskuudessa; se kelpasi mm. viinan mausteeksi. Yleisimmin sitä kuitenkin käytettiin koiden häätämiseen; vaatteisiin siitä jäi miellyttävä tuoksu. Se katsottiin myös arvolliseksi hautoja koristamaan.

"Suomen myrkylliset ja lääkekasvit" -kirja vuodelta 1936 kertoi, että aaprottia on käytetty koiruohon tapaan kotilääkinnässä ja lisäksi sillä on hoidettu pitkällisiä keuhkoputkentulehduksia. Aaprotin kukkivista latvoista on valmistettu myös teetä vatsavaivoihin ja käärmeenpuremiin. Farmaseuttinen Aikakauskirja suositteli kasvin käyttämistä päänsäryn hoitoon: yrtiä keitetään etikassa ja sitten käytetään kääreeksi päänsärkyyn. Sen arvostus rohtokasvina oli kuitenkin vähentynyt jo 1700-luvulla.